Tartu Ülikooli muuseumi koostööpartnerid on Tartu linn Tartu Kultuurkapital Eesti Kultuurkapital Sihtasutus Eesti Teadusagentuur Tartu Hansapäevad Teaduskeskus AHHAA Tartu Elektriteater Tartu Loodusmaja Tartu Linnamuuseum Tartu Ülikooli loodusmuuseum Tartu Ülikooli füüsika instituut SA Tartu Ülikooli kliinikum
